O ideal é que a gaiola de seu hamster seja limpa pelo menos uma vez por semana, não impedindo, é claro, que ela seja limpa em um intervalo menor, dependendo da aparência e do odor da gaiola.
Uma vez por mês faça uma limpeza geral, lavando e desinfetando tudo.

Jogue fora a água e a comida antiga e lave tudo com sabão neutro.
Nunca esqueça de limpar principalmente a casinha de seu hamster, jogue fora tudo o que ele tiver guardado dentro dela. Ele irá ficar um pouco confuso e irritado ao retornar e não encontrar sua casinha como deixou, mas a higiene é necessária. Logo ele irá refazer o seu ninho dentro da casinha.
Troque toda a forração (maravalha)

A limpeza mensal consiste na higienização completa da gaiola, lavando todos os itens com sabão neutro, enquanto isto ocorre, mantenha seu hamster em local seguro... podendo ser dentro de uma caixa (não sendo de papelão, pois irão roer) ou dentro de um balde.
Seque tudo, não mantendo umidade e nem odor em local nenhum.

Lembrando que o hamster não precisa de banho, ele pode se limpar sozinho. Caso seja necessário limpá-lo, não molhe sua cabeça e nem use nenhum tipo de sabão. O aconselhável nestes casos é um algodão úmido, passando-o pelo corpo do hamster.